ประวัติวัดเบญจ์ เอกสารกล่าวว่าสร้างขึ้นในสมัยรัชกาลที่ ๑ โดยกลุ่มชนชาติลาวที่อพยพเข้ามาอาศัยในอีสาน ภายหลังหมู่บ้านได้ร้างลงไประยะหนึ่งเพราะโรคระบาด ต่อมาปี พ.ศ.๒๔๑๗ พระอาจเป็นผู้นำชาวบ้านกลับเข้ามาตั้งถิ่นฐานอีกครั้งหนึ่ง ท่านได้สร้างวัดบรมธงชัยแทนวัดเบญจ์ที่ร้างไป และเปลี่ยนชื่อหมู่บ้านเป็นบ้านหัวโทน แทนชื่อบ้านเบญจ์ที่เรียกกันมาในอดีต ปัจจุบันวัดเบญจ์ตั้งอยู่ในโรงเรียนหัวโทน พบโบราณสถานสำคัญ ได้แก่ สิมและเจดีย์
ลักษณะสถาปัตยกรรมสิมวัดเบญจ์ สภาพปัจจุบันคงเหลือเพียงส่วนฐาน สร้างก่ออิฐฉาบปูนหันหน้าไปทางทิศตะวันออก ตั้งบนฐานบัวสูงในผังสี่เหลี่ยมผืนผ้า ห่างจากเจดีย์มาทางทิศใต้ประมาณ ๕ เมตร
ลักษณะสถาปัตยกรรมเจดีย์ เป็นเจดีย์ทรงบัวเหลี่ยมในผังสี่เหลี่ยมจัตุรัส ส่วนฐานแบบเอวขันรับส่วนตอนกลางที่เป็นบัวเหลี่ยมขนาดใหญ่ เหนือขึ้นไปเป็นบัวเหลี่ยมที่ลดขนาดลงคั่นด้วยชั้นกลีบบัวรับปลียอด ลักษณะเช่นเดียวกับเจดีย์พระธาตุศรีสองรัก จังหวัดเลย พระธาตุดอนแก้ว จังหวัดอุดรธานี หรือเจดีย์เก่าวัดกลาง จังหวัดร้อยเอ็ด
เอกลักษณ์ของวัดเบญจ์ คือ เจดีย์ทรงบัวเหลี่ยมฐานเตี้ยที่มักพบในบริเวณฝั่งซ้ายของแม่น้ำโขง และในเมืองหลวงพระบาง สอดคล้องกับประวัติการตั้งถิ่นฐานในบ้านหัวโทนว่าก่อตั้งโดยคนลาวที่อพยพเข้ามาตั้งถิ่นฐานในพื้นที่ในสมัยรัชกาลที่ ๑
กรมศิลปากร ประกาศขึ้นทะเบียนและกำหนดเขตที่ดินโบราณสถานวัดเบญจ์ ในราชกิจจานุเบกษา วันที่ ๒๘ ธันวาคม ๒๕๔๕ พื้นที่โบราณสถานประมาณ ๑ ไร่ ๑ งาน ๘๕ ตารางวา สิมหลังนี้ได้รับการบูรณะครั้งหลังสุดในปี พ.ศ.๒๕๒๔ และเจดีย์บูรณะในปี พ.ศ.๒๕๔๕ ผู้ใดบุกรุกทำลายโบราณสถานมีความผิดตามกฎหมาย