ประวัติกู่กระโดน พิจารณาจากรูปแบบสถาปัตยกรรม เป็นปราสาทหรือเทวาลัยในศาสนาพราหมณ์ ที่สร้างในพุทธศตวรรษที่ ๑๘ ตามแบบอิทธิพลวัฒนธรรมเขมร บนพื้นที่ชุมชนโบราณซึ่งอาศัยสืบเนื่องกันมาตั้งแต่สมัยก่อนประวัติศาสตร์ตอนปลาย เพื่อใช้เป็นอโรคยาศาลแห่งหนึ่งใน ๑๐๒ แห่งที่สร้างในสมัยพระเจ้าชัยวรมันที่ ๗ (พ.ศ.๑๗๒๔-๑๗๖๑) ตามจารึกปราสาทตาพรหม ประเทศกัมพูชา
ลักษณะสถาปัตยกรรมกู่กระโดน เป็นปราสาทแบบเขมร ก่อด้วยศิลาแลงตั้งบนฐานบัวสูง ในผังรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้าย่อเก็จ หันหน้าไปทางทิศตะวันออกบริเวณกึ่งกลางผนังเป็นช่องประตู ส่วนด้านทิศตะวันตกเป็นประตูหลอก ผนังด้านข้างก่อทึบ ด้านหน้าปราสาทเป็นห้องมุข หน้ามุขเป็นประตูทางเข้า มีบันไดทางขึ้น ๓ ขั้น เหนือซุ้มประตูประดับทับหลังและหน้าบันหินทรายสีแดง ผนังมุขมีช่องหน้าต่างลูกมะหวดข้างละช่อง โครงสร้างอาคารใช้ผนังรับน้ำหนักโครงสร้างหลังคาก่ออิฐซึ่งพังทลายแล้ว แต่จากการวิเคราะห์หลักฐานทางโบราณคดีทำให้สันนิษฐานได้ว่า สันหลังคาปราสาทและบราลีทำจากหินทรายสีแดง บริเวณด้านข้างมุขหน้าปราสาทพบทับหลังหินทรายสีแดงจำนวน ๒ ชิ้น ชิ้นหนึ่งสลักเรื่องรามเกียรติ์ตอนหนุมานถวายแหวน อีกชิ้นหนึ่งสลักภาพบุคคลในซุ้มเรือนแก้ว ประกอบด้วยบุคคลขนาดเล็กนั่งอยู่ด้านข้างทั้งสอง มีท่อนพวงมาลัยโค้งออกมาจากบุคคลทั้งสอง ปลายท่อนพวงมาลัยเป็นรูปพญานาค ๕ เศียร มีลายใบไม้สามเหลี่ยมและใบไม้ม้วนอยู่ตอนบนและล่างท่อนพวงมาลัย ตามอิทธิพลศิลปะเขมรสมัยบาปวน นอกจากนี้ยังพบครกหินบดจำนวนมาก ที่นำไปสู่การสันนิษฐานถึงลักษณะการใช้งานของกู่กระโดนในฐานะอโรคยาศาล
เอกลักษณ์ของกู่กระโดน คือ การแสดงให้เห็นถึงรูปแบบแผนผังและการตกแต่งลวดลายประดับอาคารอโรคยาศาล ในรุ่นพุทธศตวรรษที่ ๑๘
กรมศิลปากร ได้ประกาศขึ้นทะเบียนกู่กระโดนในราชกิจจานุเบกษา วันที่ ๘ มีนาคม ๒๔๗๘ และกำหนดขอบเขตที่ดินโบราณสถานในราชกิจจานุเบกษา วันที่ ๑๒ กันยายน ๒๕๔๐ พื้นที่ประมาณ ๑ ไร่ ๒ งาน ๔๓.๔๓ ตารางวา โบราณสถานแห่งนี้ได้รับการบูรณะครั้งหลังสุดในปี พ.ศ.๒๕๕๕ ผู้ใดบุกรุกทำลายโบราณสถานมีความผิดตามกฎหมาย